中国，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁（Jonathan Ke Quan饰）救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉（Kate Capshaw饰）。由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。魔宫果然充满古怪，统治者是个小屁孩，贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑，皇宫内部更是机关重重，误打误撞间，他们目睹到血腥的邪教献祭仪式……这一仗注定艰苦异常！
尽管《夺宝奇兵2之魔宫传奇》的惊悚指数比不上《夺宝奇兵》，但紧凑的节奏、壮观的开头场景和赢取1984年奥斯卡奖的视觉特效都是片中亮点。《夺宝奇兵2魔宫传奇》，寻宝成为冒险故事的出发点，动作成为故事的基本叙事方式，历险和勇气成为叙事的亮点，而一个个充满刺激和激烈打斗场面的电影奇观则成为观众最乐于观赏的盛宴。